Soumission du jour - TEL

Mécanismes différentiels de répression transcriptionnelle des gènes cibles de HIC1

Van Rechem, Capucine — Tue, 29 Sep 2009 10:38:54 +0200

HIC1 (Hypermethylated in Cancer 1) est un répresseur transcriptionnel codé par un gène suppresseur de tumeurs localisé en 17p13.3. Cette région est perdue ou inactivée par hyperméthylation dans de nombreux cancers humains ; et les souris hétérozygotes Hic+/- développent des tumeurs spontanées avec une incidence beaucoup plus élevée que les souris contrôle.
Cette protéine est impliquée dans des boucles de régulation complexes impliquant p53, la désacétylase de classe III SIRT1 ainsi qu'une des protéines de contrôle du cycle cellulaire, E2F1.
En réponse aux dommages à l'ADN, HIC1 réprime SIRT1, ce qui a pour conséquence l'augmentation du taux de p53 acétylée active. Ceci conduit à l'apoptose et à l'arrêt du cycle cellulaire. HIC1 étant lui-même activé par p53, cette boucle peut s'auto entretenir. Cette voie est également régulée par le métabolisme puisque la répression de SIRT1 par HIC1 est due, notamment, au corépresseur CtBP, lui-même régulé par la balance NADH/NAD+.
D'autre part, et de manière intrinsèquement liée, cette même réponse aux dommages à l'ADN induit l'expression de HIC1 par E2F1. Ceci mène à une seconde boucle de régulation puisque HIC1 réprime E2F1, notamment lors de la phase de quiescence G0.
Cette présente étude porte sur les différents mécanismes de répression transcriptionnelle mis en place par HIC1, sur ses gènes cibles déjà connus et nouvellement identifiés.
Nous avons pu identifier un nouveau corépresseur de HIC1, MTA1, un membre du complexe NuRD, dont le recrutement est contrôlé par la compétition SUMOylation/Acétylation de la Lysine 314 de HIC1. De manière cohérente avec le rôle de HIC1 dans le contrôle de la croissance, le complexe HIC1-MTA1 est lié au promoteur de nouveaux gènes cibles, p57KIP2 et Cycline D1, dans des cellules quiescentes, ainsi qu'à un site nouvellement identifié au sein du promoteur de SIRT1.
Tandis que le complexe NuRD apparaît réguler une majorité des gènes cibles de HIC1 connus à ce jour, ce n'est pas le cas pour CtBP, qui régulerait SIRT1 et un gène identifié récemment, CXCR7.
De plus, HIC1 interagit avec le complexe SWI/SNF composé de l'ATPase BRG1 et de la sous-unité appartenant aux complexes répresseurs ARID1A, et ce pour réprimer E2F1, mais pas SIRT1, au sein de cellules primaires quiescentes.
Ces résultats suggèrent la mise en place par HIC1 de mécanismes de répression transcriptionnelle complexes et finement régulés en fonction du type de gènes cibles et de l'état de la cellule.

Détection d'erreur au plus tôt dans les systèmes temps réel : une approche basée sur la vérification en ligne

Robert, Thomas — Tue, 29 Sep 2009 10:48:09 +0200

La vérification en ligne de spécifications formelles permet de créer des détecteurs d'erreur dont le pouvoir de détection dépend en grande partie du formalisme vérifié à l'exécution. Plus le formalisme est puissant plus la séparation entre les exécutions correctes et erronées peut être précise. Cependant, l'utilisation des vérifieurs en-ligne dans le but de détecter des erreurs est entravée par deux problèmes récurrents : le coût à l'exécution de ces vérifications, et le flou entourant les propriétés sémantiques exactes des signaux d'erreur ainsi générés. L'objectif de cette thèse est de clarifier les conditions d'utilisation de tels détecteurs dans le cadre d'applications « temps réel » critiques. Dans ce but, nous avons donné l'interprétation formelle de la notion d'erreur comportementale « temps réel». Nous définissions la propriété de détection « au plus tôt » qui permet de d'identifier la classe des détecteurs qui optimisent la latence de détection. Pour illustrer cette classe de détecteurs, nous proposons un prototype qui vérifie un comportement décrit par un automate temporisé. La propriété de détection au plus tôt est atteinte en raisonnant sur l'abstraction temporelle de l'automate et non sur l'automate lui-même. Nos contributions se déclinent dans trois domaines, la formalisation de la détection au plus tôt, sa traduction pour la synthèse de détecteurs d'erreur à partir d'automate temporisés, puis le déploiement concret de ces détecteurs sur une plate-forme de développement temps réel, Xenomai.

Préparation de l'expérience GRANIT et recherche de nouvelles interactions avec les neutrons.

Pignol, Guillaume — Mon, 28 Sep 2009 17:21:57 +0200

Les états quantiques du neutron dans le champ de pesanteur offrent une situation unique ou on mesure un phénomène quantique associe à la gravitation. Les neutrons qui rebondissent sous l'effet de la pesanteur au dessus d'un miroir parfait voient leur énergie restreinte à prendre des valeurs discrètes. Le projet GRANIT vise a mesurer précisément les niveaux d'énergie. Une méthode originale de mesure de l'énergie de transition entre deux états quantiques est proposée, ce sera la première phase du projet GRANIT. Sa faisabilité est démontrée et les paramètres du dispositifs sont optimises. La sensibilité de GRANIT à une hypothétique interaction supplémentaire entre le neutron et le miroir est analysée. Le potentiel de découverte est compare à celui d'autres expériences utilisant des neutrons. Notamment, l'utilisation d'un spectrometre dédié à la mesure du moment dipolaire électrique du neutron pour rechercher une nouvelle interaction dépendant du spin sera discutée.

Etude et mise en œuvre de techniques de validation à l'exécution

Falcone, Yliès — Tue, 29 Sep 2009 10:43:47 +0200

L'étude de cette thèse porte sur trois méthodes de validation dynamiques : les méthodes de vérification, d'enforcement (mise en application), et de test de propriétés lors de l'exécution des systèmes. Nous nous intéresserons à ces approches en l'absence de spécification comportementale du système à valider. Pour notre étude, nous nous plaçons dans la classification Safety-Progress des propriétés. Ce cadre offre plusieurs avantages pour la spécification de propriétés sur les systèmes. Nous avons adapté les résultats de cette classification, initialement développés pour les séquences infinies, pour prendre en compte de manière uniforme les séquences finies. Ces dernières peuvent être vues comme une représentation abstraite de l'exécution d'un système. Se basant sur ce cadre général, nous nous sommes intéressés à l'applicabilité des méthodes de validation dynamiques. Nous avons caractérisé les classes de propriétés vérifiables, enforçables, et testables. Nous avons ensuite proposé trois approches génériques de vérification, d'enforcement, et de test de propriétés opérant à l'exécution des systèmes. Nous avons montré comment il était possible d'obtenir, à partir d'une propriété exprimée dans le cadre de la classification Safety-Progress, des mécanismes de vérification, d'enforcement, ou de test dédiés à la propriété considérée. Enfin, nous proposons également les outils j-VETO et j-POST mettant en œuvre l'ensemble des résultats proposés sur les programmes Java.

Modélisationdu contact métal-métal: application aux micro-commutateurs MEMS RF

Pennec, Fabienne — Tue, 29 Sep 2009 11:10:57 +0200

L'insertion des microcommutateurs MEMS RF nécessite une tension d'actionnement et des dimensions toujours plus petites, ce qui confère davantage d'importance aux effets de surfaces, si bien qu'une des principales limitations des performances des microcommutateurs est la qualité du contact et sa fiabilité. Dans ce contexte, nous avons développé un outil de calcul de la résistance de contact électrique de microcommutateurs MEMS RF à contact ohmique. La finalité de l'outil sera l'étude de l'impact des matériaux, de l'état de surface, de la topologie de contact pour augmenter les performances de contact. Un tour d'horizon des différentes méthodes existantes (analytique, numérique, expérimentale) pour analyser le contact mécanique puis électrique de surfaces rugueuses a tout d'abord été réalisé. Puis nous avons conçu et fabriqué deux types de véhicules de test, à actionnement mécanique et à actionnement électrostatique afin de pouvoir tester la méthodologie de modélisation du contact mise en oeuvre. L'originalité de cette méthodologie repose sur une nouvelle approche utilisant la méthode d'ingénierie inverse pour générer la forme réelle de la surface. Les progrès apportés sur les logiciels de calcul rendent possible l'implantation de profils réels de surface issus de la caractérisation. L'analyse du contact mécanique est ensuite réalisée à travers des simulations numériques de contact avec le logiciel multiphysique éléments finis ANSYS 11. Cette analyse mécanique est suivie d'une analyse électrique, basée sur des formulations analytiques issues de la théorie du contact électrique et utilisant les résultats de l'analyse précédente. Les surfaces de contact des structures de test sont acquises à l'AFM afin de tester l'outil de calcul. Les résultats obtenus avec la nouvelle méthodologie restent éloignés des mesures expérimentales de résistance de contact. Ces écarts étaient prévisibles tant il est difficile d'une part de prendre en compte tous les paramètres affectant la val eur de la résistance (effet thermique, présence d'un film isolant sur l'interface de contact, phénomène de fluage) dans le modèle, et tant il est difficile d'autre part d'évaluer avec précision les propriétés des matériaux de contact.

Processus Physiques Responsables de l'Etablissement et de la Variabilité de la Mousson Africaine

Besson, Lucas — Tue, 29 Sep 2009 11:15:32 +0200

La Mousson Ouest Africaine est un système complexe, qui présente des variations interannuelles très importantes. Ces variations se traduisent par les fluctuations considérables des précipitations sur le continent. Avoir une meilleure compréhension du système complexe qu'est la mousson africaine peut permettre de mieux cerner les mécanismes qui influencent la production des précipitations sur le Sahel. La première partie de ce travail de thèse consiste en une comparaison entre deux saisons de mousson aux régimes de précipitations différents afin d'extraire les caractéristiques communes et différentes, pour les appliquer à l'étude de la saison de mousson durant laquelle s'est déroulée la campagne AMMA. Cette étude est complétée par une compréhension des processus dynamiques et thermodynamiques qui sont à l'origine du déclenchement de l'Onset de la mousson, et qui permettent l'installation des conditions favorables au développement des précipitations sur le Sahel. Le second volet est basé sur les mécanismes physiques qui entrent en compte dans le cycle de vie des lignes de grains sur le Sahel. Enfin, la dernière partie traite de l'impact des systèmes de méso - échelle sur leur environnement en terme de bilan de chaleur et d'humidité dans le quadrilatère sud de l'expérience AMMA.

VERS UNE NOUVELLE SOCIO-GEOGRAPHIE DE LA MOBILITE QUOTIDIENNE. ETUDE DES MOBILITES QUOTIDIENNES DES HABITANTS DE LA REGION URBAINE DE GRENOBLE

Tabaka, Kamila — Tue, 29 Sep 2009 11:55:44 +0200

Au prisme de la diversité des pratiques spatio-temporelles, la mobilité constitue sans contestation l'élément majeur des relations sociales contemporaines. Si les pratiques spatio-temporelles et les formes des mobilités quotidiennes sont loin d'être homogènes, comment peut-on pour autant les décrire, les qualifier et les rendre plus compréhensibles ? L'échelle la plus adéquate pour analyser ces comportements peut être celle de l'aire métropolitaine car c'est en effet un espace qui résulte de ces mobilités et dans lequel s'inscrit la majorité des mobilités urbaines d'aujourd'hui. Cette thèse tend à établir une lecture de l'hétérogénéité de l'espace métropolitain grenoblois et de ses organisations, à travers l'analyse des pratiques des mobilités quotidiennes. Une meilleure connaissance et représentation des comportements de la mobilité quotidienne dans l'espace-temps constitue le coeur de sa problématique. La motivation essentielle de ce cadrage est la prise en compte de l'individu dans le contexte de mobilité qui lui est propre, avec toutes ses dimensions particulières. Une démarche originale vise à rendre possible une lecture et une analyse des mobilités et des activités ainsi que des disparités en cours, à travers une grande base de données quantitatives, l'enquête ménages déplacements (EMD 2002 sur la région grenobloise). Il s'agit d'une analyse secondaire des données d'un outil majeur des politiques publiques locales et qui n'a pas été utilisé jusqu'à présent pour analyser les formes des mobilités quotidiennes.

Définitions, analyses et caractérisations des territoires des Néandertaliens au Weichsélien ancien en France
septentrionale (Approches technologiques et spatiales, élargissement au Nord-Ouest de l'Europe)

Goval, Emilie — Fri, 22 May 2009 16:22:34 +0200

La gestion du territoire par les Néandertaliens est sans doute l'un des plus grands thèmes de cette décennie. Mais dès lors que l'on parle de territoire et non de modalités d'occupation s'ouvre un champ si vaste que ce terme nous amène au flou sémantique même du mot. Certes les études attenantes à cette thématique se sont largement développées ces dernières années si l'on en croit le nombre de travaux, colloques et ouvrages traitant de ce sujet. Néanmoins, en l'état actuel de la recherche, la restitution des espaces géographiques, et de leur gestion par les Néandertaliens n'est encore trop souvent traduite que par l'analyse de l'origine des matières premières exploitées. Le cadre fixé par les limites des sites guidant pour les Néandertaliens des choix de progression et d'itinéraires, semble conditionner le territoire lors des études. Certes si dans certaines régions, aux matériaux variés, il est envisageable de retracer en partie des voies de circulation et de déplacement, il n'en est pas de même pour le Nord de la France. Ce sont principalement les notions de territoire, de modalités d'occupation et de déplacements au travers des occupations humaines, qui sont abordées dans cette étude.

Prédiction de comportement d'applications parallèles et placement à l'aide de modèles économiques sur une grille de calcul

Miegemolle, Bernard — Tue, 29 Sep 2009 10:37:35 +0200

Une des solutions les plus prometteuses actuellement à la course à la puissance de traitement consiste à créer des grilles. Néanmoins, leur utilisation optimale n'est pas encore atteinte dû notamment à la complexité que ce support d'exécution amène pour les administrateurs et utilisateurs. Cette thèse se concentre sur la gestion des ressources composant une grille de calcul. Nous montrons comment traiter ce problème à l'aide de paradigmes économiques. Nous définissons un modèle économique permettant de gérer les ressources d'une grille. Ce modèle propose d'associer un coût à chacune des machines de la grille. Le placement d'une application est assimilé à un problème d'optimisation non-linéaire sous contraintes et à variables entières, pour lequel le choix des machines à utiliser doit minimiser un compromis entre le temps d'exécution de l'application et son coût. Une implémentation de ce modèle à l'aide d'un algorithme génétique est proposée, de même que son intégration au sein de l'ordonnanceur OAR utilisé sur Grid'5000. Dans une seconde partie de la thèse, des travaux ont été effectués dans le domaine de la prédiction du temps d'exécution d'une application. Nous définissons une méthode hybride de prédiction basée à la fois sur le profil des applications ainsi que sur un historique d'exécutions passées, combinant une analyse de la structure du programme à une méthode d'apprentissage basé sur des instances. Nous montrons notamment que la prise en compte du profil des applications améliore les prédictions réalisées au moyen de méthodes classiques basées seulement sur des historiques d'exécutions passées.

Vesto Melvin Slipher (1875-1969) et la naissance de l'astrophysique extragalactique.

Brémond, Alain — Tue, 29 Sep 2009 12:10:53 +0200

L'astrophysique voit émerger au début du XXe siècle une nouvelle spécialité : l'astrophysique extragalactique. Les travaux de Vesto Slipher inaugurent le passage du concept de nébuleuses à celui de galaxie. Notre travail repose sur une analyse des archives de l'observatoire Lowell, une revue de périodiques et d'ouvrages astronomiques sur cette période et de nombreuses sources historiques et philosophiques. L'introduction résume l'état des connaissances à la fin du XIXe siècle. La première partie retrace la vie et l'œuvre de Slipher avec la découverte inattendue de leur grande vitesse radiale. Avec ces données Hubble établit la relation vitesse-distance et De Sitter teste des hypothèses cosmologiques en relation avec la théorie de la Relativité Générale. La seconde partie examine comment est né le concept de galaxies, en particulier comment Slipher passe du modèle de nébuleuse protostellaire à celui de nébuleuse extragalactique. La troisième partie s'interroge sur le contexte culturel et professionnel de l'apparition de l'astrophysique extragalactique et en particulier l'avance des Etats-Unis et les raisons du retard français.

L'appropriation des dispositifs de gestion locale et participative de l'eau - Composer avec une pluralité de valeurs, d'objectifs et d'attachements

Richard-Ferroudji, Audrey — Tue, 29 Sep 2009 13:51:47 +0200

La thèse porte sur des dispositifs de gestion locale et participative de l'eau. Ces dispositifs incluent un ensemble d'éléments, parmi lesquels des outils institutionnels (Contrats de rivière, SAGE etc.), des personnes, tels les animateurs de bassin versants et des artefacts. Des enquêtes ont été conduites sur trois bassins : les Gardons, la Lentilla et l'Orb, en utilisant de façon complémentaire plusieurs méthodes, dont une expérimentation sous forme de jeu, Concert'eau. Ce travail montre la manière dont les dispositifs prennent part à la satisfaction d'exigences politiques, en étant transformés. Ce résultat correspond au souci qu'ont les acteurs d'une « appropriation » des outils. Le cadre théorique des régimes d'engagement a permis de problématiser cette appropriation et d'identifier des transformations nécessaires pour qu'un dispositif contribue à une gestion locale et participative effective. L'appropriation est une dynamique de déformation mutuelle et d'ajustement des choses et des personnes, selon différents niveaux de biens. Elle comprend des appropriations stratégiques, mais aussi des familiarisations et le développement d'un équipement qui supporte des jugements de bien commun. Cette thèse contribue à l'ingénierie des équipements politiques et sociaux dans le domaine de l'eau. En distinguant différents formats de participation, elle permet un retour critique sur les outils de démocratie participative. Elle propose, en outre, une réflexion sur les conditions d'un engagement exploratoire dans les dispositifs de jeu, sur l'articulation de la justification avec les autres régimes d'engagement et sur le traitement d'attachements à l'environnement selon différents modèles politiques.

Modélisation incrémentale des réseaux biologiques.

Yartseva, Anastasia — Tue, 29 Sep 2009 12:20:44 +0200

Le domaine scientifique de la Biologie des Systèmes étudie les interactions entre les composantes d'un système biologique afin d'en comprendre son fonctionnement global. Au cours de cette these, nous avons d'abord utilisé des graphes simples. Cette approche a permis d' appréhender la manière dont un réseau biologique peut interagir avec son environnement, lui-même modélisé par un autre réseau. Nous avons ensuite défini le formalisme MIB (Model of Interactions in Biology) qui permet de définir, rechercher et étudier les motifs hétérogènes. Enfin pour approfondir l'étude de la structure et de la dynamique, nous avons proposé le formalisme MIN. MIN possède la structure bipartie de MIB, mais permet d'avoir des annotations beaucoup plus riches des noeuds et des arcs du réseau qui peuvent être utilisées pour la traduction des données automatiquement en d'autres formalismes couramment utilisés en modélisation biologique, tels que les équations différentielles ou la modélisation logique.

RÈGLES DE L'ÉTAT – RÈGLES DE LA COMMUNAUTÉ : UNE GOUVERNANCE LOCALE DE L'EAU. ANTHROPOLOGIE COMPARÉE DE DEUX SYSTÈMES D'IRRIGATION ANCIENS EN CONTEXTE D'INTERVENTION PUBLIQUE : VALLÉE DES AÏT BOU GUEMEZ (HAUT ATLAS - MAROC), PLAINE DE VINÇA (PYRÉNÉES - FRANCE).

Riaux, Jeanne — Tue, 29 Sep 2009 14:08:03 +0200

Cette étude vise à décomposer les mécanismes de régulation collective de l'irrigation, en contexte d'intervention publique. Dans une perspective diachronique, l'approche comparée de deux communautés d'irrigants anciennement organisées met en lumière le caractère dynamique des règles de gestion de l'eau. En contexte d'inadéquation de l'offre et de la demande, les règles communautaires organisent une
répartition équitable de la pénurie d'eau. Mais, bien que constamment renouvelées, les règles d'usage échouent à satisfaire les besoins en eau croissants des irrigants et ne sont plus respectées. L'autorité publique est sollicitée pour faire appliquer les règles communautaires. Les États proposent des solutions techniques conditionnées par l'application des lois nationales. Le couple notables / agents de l'administration a un rôle central dans la mise en oeuvre d'une gouvernance locale de l'eau, mode de régulation qui articule les règles nationales et les règles communautaires.

Gestion collective des inondations. Peut-on tenir compte de l'avis de la population dans la phase d'évaluation économique a priori ?

Grelot, Frédéric — Mon, 28 Sep 2009 18:08:11 +0200

En France, au contraire de pays comme les États-Unis, la pratique de l'évaluation économique a priori des actions collectives de lutte contre les inondations est largement déficiente. Ce constat est inquiétant dans une perspective d'allocation optimale de ressources nécessairement limitées. Quand elle existe, cette évaluation n'intègre pas les préférences des populations affectées. Ce manque est à contre-courant des préconisations de la convention d'Aarhus signée par la France. Dans cette thèse, l'apport envisageable de l'évaluation contingente est explorée. Deux enquêtes ont été réalisées, sur deux terrains aux caractéristiques contrastées : sur le bassin versant de l'Yzeron (zone péri-urbaine sur un petit bassin versant aux crues rapides et aux enjeux humains forts) et au Mans (zone urbaine à la confluence de la Sarthe et de l'Huisne aux crues lentes et aux enjeux humains faibles). Inscrite dans une perspective d'évaluation a priori de différents niveaux de protection collective, la réalisation de ces enquêtes a nécessité l'élaboration d'un outil de communication permettant une description, accessible aux non-experts, des effets des scénarios contingents sur le degré d'exposition d'une collectivité aux inondations. L'analyse des enquêtes permet un certain nombre d'analyses critiques quant aux choix méthodologiques employés (impact du choix des taxes locales comme support de paiement sur le taux de refus par exemple). Elle permet également de dégager un comportement des individus interprété comme une acceptabilité du risque d'inondation au-delà d'un certain niveau de protection. Confirmée, cette conclusion aurait un impact direct sur la nécessité de pratiquer enfin une évaluation économique a priori des actions collectives de lutte contre les inondations, intégrant de surcroît explicitement les préférences des populations affectées.

Synthèse solvothermale de GaN et contribution à la cristallogenese de ce matériau

Collado, Cécile — Tue, 29 Sep 2009 13:09:23 +0200

Le nitrure de gallium, GaN, semi-conducteur à large gap (3.4 eV), est un composé qui présente des propriétés très attractives pour des applications en opto- et micro-électronique. L'amélioration des performances des dispositifs passe par l'amélioration des propriétés des films de GaN. C'est pourquoi l'obtention de monocristaux massifs de GaN, susceptibles de servir de substrats pour l'homoépitaxie de films de GaN, représente un enjeu considérable. L'objectif de ce travail de thèse était de transposer le procédé de croissance hydrothermale du quartz-α au composé GaN afin de faire croître des monocristaux de GaN. Dans une première étape, un procédé de synthèse de GaN finement divisé a été mis au point. La synthèse solvothermale de microcristaux de GaN a été réalisée par traitement d'un mélange réactionnel gallium/additif sous pression d'ammoniac. Ce matériau était destiné à servir de corps mère pour la croissance de monocristaux de GaN par un procédé de dissolution-transport-cristallisation. Dans une seconde étape, la solubilité du GaN ainsi obtenu a été évaluée dans le solvant ammoniac. Il s'est avéré qu'en raison de la forte covalence de la liaison Ga-N, ce composé n'a pu être solubilisé. En conséquence, le remplacement de GaN par un corps mère plus ionique et donc susceptible de se solubiliser plus facilement a été envisagé. Le composé Li₃GaN₂ a donc été synthétisé dans ce but. Enfin, la dernière partie présente les premiers travaux réalisés sur la solubilité de Li₃GaN₂ qui ont montré que ce composé était soluble dans l'ammoniac. En outre, la faisabilité du transport d'une espèce contenant du gallium du corps mère vers des germes a été abordée. Dans le futur, Li₃GaN₂ pourrait donc servir de corps mère pour la croissance de monocristaux de GaN.